Od amaterskih dana do praške faze kroz Bukovčev opus provlače se teme alegorijskog i mitološkog karaktera, čiji motivi najčešće proizlaze iz neiscrpnih antičkih vrela, bilo da je riječ o umjetnosti, mitologiji, filozofiji ili književnosti. Već i najraniji Bukovčevi slikarski pokušaji, poput dvije slike manjih dimenzija iz zbirke Kuće Bukovac, Alegorija zore i Kupido, svjedoče o fascinaciji antičkim panteonom i mitološkim svjetonazorom, a zaokupljenost antičkim svijetom doći će do izražaja u Parizu na École des Beaux-Arts gdje je Bukovac studirao u klasi poznatog profesora Alexandrea Cabanela koji je bespogovorno slijedio antički žanr.
Devetnaestostoljetne likovne akademije vrvjele su odljevima antičkih skulptura i fragmentima arhitekture, a svako je temeljno crtanje započinjalo crtanjem prema antičkim modelima, pri čemu je poznavanje ikonografskih tema i motiva antičke umjetnosti bilo ključno. Iz tog razdoblja u Kući Bukovac čuva se nekolicina skica i studija ženskih i muških figura, ali i satira, mitoloških bića ljudskog tijela sa životinjskim detaljima, u kojima Bukovac prvenstveno savladava proporcije, sklad i harmoniju ljudskoga tijela.
Iako je u Parizu proveo nepuna dva desetljeća, radovi ove tematike nisu pohranjeni u Kući Bukovac, ali već zagrebački period koji je isprepleten i s češćim dolascima u rodni kraj, obogaćuje Kuću Bukovac za nekoliko iznimnih djela i skica alegorijske tematike antičkog uzora. Bukovac u Zagrebu kroz nekoliko godina radi na velikim dekorativnim kompozicijama povijesne i povijesno-književne tematike poput Gundulićevog sna, Dubravke i Slava njima (Hrvatski narodni preporod), koje su redom smještene u antički ambijent. Osim brojnih povijesnih ličnosti, kompozicije su bogate i mitskim stvorenjima poput muza, lebdećih vila, nimfi, satira i slično.
U Kući Bukovac čuva se crtež detalja za Dubravku na kojem je prikazan kapitel Kneževa dvora iz Dubrovnika, kao i gipsani model glave Ivana Gundulića, prema kojem ga je ovjekovječio u alegorijskim prizorima. Fascinacija antikom prisutna je i u samom dekoriranju kuće i ateljea koje je Bukovac sebi izgradio u Zagrebu, na čijoj je krovnoj zoni postavljena alegorijska kompozicija krilatog genija, odnosno statua Genij umjetnosti Rudolfa Valdeca. Bogati interijer, između ostalog, krasile su i četiri velike slike koje predstavljaju alegorije umjetnosti.
Jedna od njih, Alegorija slikarstva, nalazi se u Kući Bukovac. Na njoj je slikar prikazan u bogatoj nabranoj togi s paletom u ruci, a ispred njega su tri muze prikazane kao tri ženska akta u antičkom ambijentu, koji nam odaju dio prikazane arhitekture te statua kamene sfinge. Alegorijski prikazi zaokupljali su Bukovca u tom periodu, bilježimo i dvije slike malog formata koje prikazuju osobnu interpretaciju personifikacije vode i zraka, a voda, more prisutan je element pri prikazu Sirene iz istog perioda.
Nakon zagrebačkog perioda nastupilo je cavtatsko razdoblje gdje Bukovac završava svoje kapitalno djelo, Danteovu trilogiju prema književnom predlošku Božanstvene komedije, velikog spjeva podijeljenog u tri dijela: Pakao, Čistilište i Raj, što su i nazivi Bukovčevih prikaza. U načinu slikanja oslanja se na načela secesije sažimajući zbivanja na simbolički prikaz u kojem dominira Dante u odjeći žarkocrvene boje te ga vodi Vergilije, veliki rimski pjesnik.
Osim figurativnog prizora ovih slika, važna je boja koja metaforično odaje narav svakog od ovih mjesta i njihovog značenja. Nadalje, u Cavtatu Bukovac radi na velikoj dekorativnoj kompoziciji za strop dubrovačkog kazališta oblikovanoj u jedanaest latičastih izduženih polja koja tvore rozetu u središnjem dijelu te u u jednom razvedenom romboidnom bočnom polju. Tema koju je Bukovac pritom obradio je Dvostruko krunjenje na nebu i zemlji, odnosno alegorijski prikaz pjesništva koje na nebu kruni dubrovačke pjesnike, a na zemlji narodnu poeziju predstavljenu u liku slijepog guslara.
Kompozicija je prepuna mitskih i poluljudskih bića poput božica, lebdećih vila, satira svirača, putta u plesnom kolopletu prikazanih u skraćenjima i u rakursu, što potencira prostornu iluziju. U Kući Bukovac čuvaju se brojne skice i studije pojedinačnih likova sa stropne kompozicije, a pri čemu su mu pozirala i vlastita djeca.
Ubrzo je Bukovac s obitelji preselio u Beč i iz bečke faze Kuća Bukovac posjeduje grandioznu sliku prikaza nimfe Klytije iz Ovidijevih Metamorfoza, koju je prema mitu bog Helios, u kojeg je bila zaljubljena, pretvorio u suncokret. Ovu personifikaciju ljubavne čežnje Bukovac je prikazao ženskim aktom u vibrantnom pejzažu, gdje samo naslov sugerira antički motiv.
Sličnom poentilističkom manirom i odabirom boja Bukovac slika studiju muškarca i studiju žene za Klanjanje suncu, zaokupljen likovnom interpretacijom svoje nove životne filozofije bliske panteizmu. Iz praškog dvadesetogodišnjeg perioda Bukovčevog stvaralaštva Kuća Bukovac posjeduje fotografije iz 1913. godine koje prikazuju Bukovca dok slika Razvitak hrvatske kulture, veliku kompoziciju za Nacionalnu i sveučilišnu knjižnicu u Zagrebu, a koju opet krase antički ambijent, muze, vile, Pallas, Atena i drugi motivi antičkog svijeta.
Među posljednjim su Bukovčevim radovima i dvije slike alegorijske i mitološke tematike iz 1921. godine, Leda i labud, prikaz ženskog akta uz jezero na kojem pliva labud, personifikacija boga Zeusa, zaljubljenog u spartansku kraljicu Ledu, te slika Suton koja prikazuje golu ženu prekrivenu velom preko glave, a uz noge joj sjedi sova, simbol mudrosti, ali i zlokobni simbol nadolazeće smrti, koja je i zadesila Bukovca par mjeseci nakon.