Bukovčev dolazak u Zagreb 1893. godine, nakon pariškog iskustva, uistinu je promijenio i oživio agramersku umjetničku scenu, a i sam će, unatoč gorkim iskustvima, o tom vremenu reći: To su najljepši dani u analima mojega života.
Prva godina obilježena je intenzivnim radom. Bukovac na Vranyczanyjevom imanju u Donjem Oroslavlju slika obiteljske portrete, a Lujo Vranyczany ugošćava brojne prijatelje iz Zagreba koji sa zanimanjem prate Bukovčev način slikanja u pleneru. Uz obilje svjetla i vedrih boja u svoju novu sredinu unosi moderan duh i reanimira interes za umjetnost.
Ubrzo je Bukovčeva sveprisutnost u Zagrebu privukla i mlade umjetnike koji su se školovali na akademijama u Beču i Münchenu, a iz Dubrovnika stiže već gotovi umjetnik školovan u Italiji i na münchenskoj akademiji, Mato Celestin Medović. Sve je bilo spremno da zahvaljujući Bukovčevom talentu i angažmanu u Zagrebu, kako piše časopis Obzor, stvori neko središte umjetnosti i uzgoji umjetnički podmladak.
Na Bukovčevu inicijativu i prema njegovoj idejnoj koncepciji grade se ateljei za umjetnike na Prilazu, a projekt izrađuje Herman Bollé. Do trenutka svečanog otvorenja i raspodjele ateljea umjetnicima doći će i do razilaženja Bukovca i Isidora Kršnjavija, dotadašnjeg predstojnika Odjela za bogoštovlje i nastavu. Daljnje razmirice i nerazumijevanje dovest će do Bukovčevog konačnog napuštanja Zagreba, u jeku priprema za Hrvatski salon, zajedničku izložbu postavljenu u Umjetničkom paviljonu, koja će se pokazati kao začetna točka modernih tendencija u hrvatskoj umjetnosti.
Gubitak, i za Zagreb, ali i za samog Bukovca, kako će vrijeme i vječna čežnja za povratkom u domovinu kasnije pokazati, tim je veći jer je upravo zaslugom Vlaha Bukovca montažna željezna nosiva konstrukcija projektirana za paviljon Milenijske izložbe u Budimpešti 1896. godine, prenesena u Zagreb i postala prvi moderni izložbeni prostor.
Predstavljanje hrvatskih umjetnika na Milenijskoj izložbi, unatoč kritici dijela domaće javnosti koja nije odobravala sudjelovanje Hrvata na toj madžarskoj manifestaciji, strana kritika je dobro prihvatila.
Iako je Milenijska izložba organizirana povodom proslave tisuću godina Ugarskog Kraljevstva te je bila prvenstveno namijenjena prezentaciji ugarskih dostignuća, istup hrvatskih umjetnika na tom mega događanju zamišljen je i kao politička afirmacija Hrvatske, jer se izlaganjem u svom – hrvatskom paviljonu, nastojalo istaknuti autonomiju, barem onu kulturnu, unutar Austro-Ugarske Monarhije.
Budući da je do tada Hrvatska na svjetskim izložbama sudjelovala u sklopu Ugarske, bez isticanja, četiri hrvatska izlagačka paviljona, među kojima i ovaj za umjetnine i historičke spomenike te paviljoni za šumarstvo i lovstvo, za industriju i gospodarstvo i hrvatska kušaona, bili su izvanredna prilika za prezentaciju Hrvatske.
Bukovac će u autobiografiji zapisati:
U ‘Kafani Zagreb’ imali smo svoj stol. Tamo bi se svaki dan našli da raspravljamo o izložbama i umjetnosti. Ono je bilo krasno doba! Pozvali nas kako rekoh na izložbu u Pešti za tisućgodišnjicu kraljevstva. Ne htjelo nam se s početka da se s Madžarima družimo, ali nakon dugih, živih debata odlučismo aut – aut: ili ni makac, ili da nam skupo plate naše izložbe, bljesnu mi misao, da nam se eto nudja najbolja prilika, da se dočepamo umjetničkog paviljona. Ovu namisao još u klici prišapnuh mojim drugovima i malo po malo sve ih oduševih za nju. Lozinka je bila: ili paviljon ili ne izlažemo!
O tome porazgovorih se i predstojnikom drom. Kršnjavim. On je na moje riječi prasnuo u grohotan smijeh i rekao mi: – ‘Vi Amerikanci zgrčete milijone kao da su blato! Vi ne znate naše prilike. A Madžari hoće, da vas objeručke prime. Ta na vas čeka pozlaćena dvorana.’
Ja sam mu opet vrlo odlučno saopćio našu tvrdu odluku i zaključio, da se na našem paviljonu mora da vije samo hrvatska zastava i da hrvatska zemlja mora da bude prenesena i obasuta okolo paviljona…
Na putu u Beč moja je pomisao potpuno dozrela i rekoh sebi, da je red, da provizorno sagrade paviljon u Pešti, a onda, kad se svrši izložba, neka željezni kostur prenesu u Zagreb.
O hrvatskoj umjetnosti i umjetnicima koji su izlagali u izdvojenom paviljonu pisao je inozemni tisak s iznenađenjem i u superlativima. Najviša priznanja išla su na račun Bukovca i Frangeša, ali zabilježena je cjelokupna umjetnička grupacija kao cjelina visokih umjetničkih kvaliteta, najčešće pod nazivnikom – zagrebačka šarena škola koju vodi Bukovac.
Od sedamdesetak izloženih slika gotovo pola je bilo Bukovčevih. Od velikih kompozicija Vlaho Bukovac je izložio Gundulićev san, Dubravku, Živio kralj, studiju za Hrvatski narodni preporod, tri akta, a sve ostalo bili su portreti. Mađarska vlada tada će otkupiti Dubravku i Medovićevu sliku Srijemski mučenici.
Bukovac je po izložbi proveo i cara Franju Josipu I. kojeg je nekoliko mjeseci ranije portretirao u Beču, a car ga je, za sudjelovanje i doprinos izložbi, odlikovao Ordenom Franje Josipa I.