U prvom dijelu ovoga bloga zaustavili smo se na posljedicama Oktavijeve pobjede kod Krka. Pompej je imao potpunu prevlast na moru i otvoren put za invaziju Italije. Cezar je u međuvremenu uspješno ratovao u Hispaniji. Pobjednik kod Krka, Oktavije, zajedno s Isejcima i Delmatima opsjeo je jedino Cezarovo uporište između Krke i Neretve, Salonu, a južni dijelovi Ilirika polako su se predavali Pompeju. Zašto Pompej nije izveo invaziju Italije te 49. g. pr. Kr.? Odgovor vjerojatno leži u njegovoj naravi. Pompej je bio tip vojskovođe koji strateški gradi svoju snagu i upušta se u bitku tek kada strateški nadmaši neprijatelja. S druge strane, Cezar je bio impulzivan zapovjednik i vodio se intuicijom. Upravo zato Cezar još iste godine pred sami period zime (kraj listopada) izvodi desant u blizini Dirahija (Drača). Odnosno, svjesno upada na neprijateljev teritorij s manjom vojskom, znajući da tu vojsku neće moći snabdijevati. Iako će početkom proljeća 48. g. pr. Kr. pretrpjeti poraz kod Dirahija, Cezar je ovim potezom spriječio invaziju Italije.
Na Jadranu je 49. g. pr. Kr. Oktavije bio gospodar mora. Jedini klin u njegovoj formaciji bila je Salona, koja je, iako nedovoljno jaka za veće napadne akcije, odvlačila znatne vojne efektive s bojišta prema Neretvi i prema Krki. Drugim riječima, problem kojim se bolje što prije pozabaviti. Zbog toga je Oktavije i opsjeda. Opsada je nakon nekoliko mjeseci bila bezuspješna, a Salonjani su čak prešli u protunapad, uništivši 4 od 5 Oktavijevih opsjednih logora, nakon čega se ovaj povlači s mornaricom na jug, što zbog poraza, što zbog približavanja zime.
Situacija za Cezarovu stranu u Iliriku poboljšava se tek na ljeto 48. g. pr. Kr., nakon bitke kod Farsala, gdje je Cezar pobijedio Pompeja. Ipak, ovo bojište neće dugo ostati mirno. Nakon Farsala, Pompej bježi u Egipat gdje je ubijen, a Cezar dijeli svoju vojsku na više manjih jedinica. Osobno slijedi Pompeja u Egipat, gdje će ući u sukob s Egiptom. Pompejeve snage koje su uspjele pobjeći jednim dijelom odlaze i u Ilirik, zbog čega Cezar u provinciju šalje Kvinta Kornificija s dvije nove legije kako bi organizirao obranu. U isto vrijeme, na Korkiri (Krf) sastaju se Pompejevi admirali i preraspodjeljuju mornaricu. Naime, nisu mogli doći do konsenzusa gdje koncentrirati svoje snage pa odlaze na različite strane. Jedan od Pompejevih admirala bio je i Marko Oktavije koji ponovno uplovljava u Jadran.
Oktavije najvjerojatnije odabire Ilirik za daljnje operacije jer još uvijek ima saveznike na tom prostoru, a i određen broj Pompejevih legija povlači se iz Grčke prema Iliriku te se nada da će ih moći iskoristiti. Oktavije ima određene uspjehe u zauzimanju priobalnih gradova južnog Ilirika. Tome svjedoči Cezarovo upućivanje Aula Gabinija s dvije legije i 3000 konjanika u pomoć Kornificiju, koji je očito svoje jedinice rastegao do krajnjih granica. Naime, osim od Oktavija, opasnost mu je prijetila i od barbara, kako ih nazivaju u izvorima, iz unutrašnjosti. Vojna Aula Gabinija, iako uz početne uspjehe, završila je porazom kod Sidonija, nakon čega se povukao u Salonu.
Iako je Cezar poslao 4 legije u Ilirik, daje jasne upute svojim zapovjednicima da se povuku u Makedoniju ako ne mogu držati položaje u Iliriku. Drugim riječima, u Iliriku su bile znatne Pompejeve postrojbe, a Cezarove snage su u defenzivi. Osim vojske, Cezar je na Jadranu imao mornaricu pod Publijem Vatinijem. Ta mornarica bila je stacionirana u Bindiziju, ali izvori nedovoljno opisuju njenu snagu. Naime, Vatinije sigurno ima 2 trireme, 1 kvadriremu i 3 kvinkvereme. Pomalo čudni prijevodi izvora sugeriraju da je Vatinije preuredio trgovačke brodove u ratne, ali najvjerojatnije se radi o manjim ratnim brodovima koji su dorađeni da se mogu suprotstaviti većem brodovlju. Također, gotovo sigurno je Vatinije dao izgraditi brodovlje koje nam izvori ne spominju.
Marko Oktavije je mogao imati između 40 i 100 brodova. Točan broj izvori ne donose, ali moguće je da je u raspodjeli mornarice na Korkiri dobio isto broj brodova za Ilirik, koliko su dobili admirali za druge provincije. Tada bi imao oko 70 brodova, a veći broj sugerira i njegovo uspješno ratovanje 48./47. g. pr. Kr.
Neuspjeh Gabinija i očito sve teža situacija Kornificija potaknula je Vatinija da s mornaricom dođe u Ilirik. Jačinu Vatinijeve mornarice nemoguće je utvrditi, ali izvori potvrđuju da je brojem bila slabija od Oktavijeve. Oktavije je krajem zime (moguće veljača 47. g. pr. Kr.) opsjedao Epidaur. To je ujedno i prvi spomen današnjega Cavtata u izvorima. Epidaur tada još nema status kolonije, što sugerira da se radilo o relativno malom rimskom gradu. Na području sela Obod pronađeni su ostatci zida kojega arheolozi smještaju u razdoblje Oktavijeve opsade. Ipak, vjerojatnije je da su Kornificijevi vojnici izgradili zid kako bi Epidaur zaštitili od barbara iz unutrašnjosti te da su u blizini postavili logor. Logor bi bio dovoljno blizu Epidaura, ali i dovoljno blizu prijevoja na Konavoskim brdima, što omogućuje brzu reakciju u slučaju napada.
Tijekom opsade Epidaura, Oktavije saznaje da mu se približava Vatinijeva mornarica i povlači se prema sjeveru. Vatinije kraće vrijeme boravi u Epidauru (dan ili dva) i upušta se u potjeru za Oktavijem. Kod otoka kojeg izvori nazivaju Taurida, odvila se bitka iz koje Vatinije izlazi kao pobjednik. Oktavije se povlači na Vis, a nakon toga u Grčku.
Problematika ubiciranja ovog otoka prilično je stara u historiografiji. Za sada je izišlo nekoliko teza o kojem otoku je riječ. Tako ona najstarija je bila da se radi o Šipanu, slijedile su teze o Šćedru i Paklanskim otocima. Problem kod ubiciranja otoka nije samo u imenu, nego se moralo raditi o otoku na kojemu je ili u blizini kojeg je dovoljno velika luka za 40 do 100 ratnih brodova Marka Oktavija. Naime, dan prije bitke na moru je bilo olujno nevrijeme od kojeg se Oktavije sklonio u luku, a Vatinije nije, nego ostaje na pučini. To sugerira da je Vatinije bio na otvorenome moru, bez blizine luke. Samim time, Šipan postaje najmanje vjerojatna opcija jer se od Dubrovnika do Šipana nalaze brojne sigurne luke. Drugim riječima, Vatinijeva mornarica se najvjerojatnije našla u oluji između Pelješca i Hvara. Samim time bitka je trebala biti u blizini Hvara. Nije nazvana tako jer je povijest poznavala još jednu bitku kod Hvara, u kojoj su Rimljani pobijedili Demetrija Farskog.
Izvor govori kako je Oktavijeva mornarica bila brojnija i u boljem rasporedu, ali je zapovjedni brod oštećen u naletu Vatinijeva zapovjednog broda te je potopljen nakon što se većina brodova borila na uskom prostoru oko zapovjednih brodova. Ozlijeđeni Oktavije nakon toga se povlači, a Vatinije zarobljava 11 brodova, uglavnom manjih. Kako je manja i slabija mornarica pobijedila jaču, uvježbanu Oktavijevu, još uvijek je tema rasprave, ali čini se da je zbog zbijenosti formacije mornaričko pješaštvo odlučilo bitku, a Vatinije je imao Cezarove veterane iz Galije.
Iako ostaje dosta nepoznanica vezanih uz samu bitku, suština je da je Vatinije izvojevao pobjedu, koliko zahvaljujući sreći, koliko znanju, teško je utvrditi, a Oktavije se povukao prema Visu. Nakon bitke Vatinije okuplja brodovlje u istoj luci u koju se prije njega sklonio Oktavije, a nakon dana odmora plovi za Isu. Oktavije je tada već pobjegao za Grčku, a Isa se predala. Razlog Oktavijevog povlačenje najvjerojatnije nije odlučujući poraz, nego slabljenje vojnih efektiva do te mjere da ne može nastaviti zamišljenu kampanju. Rat će se u Iliriku nastaviti, ali isključivo protiv Delmata i drugih barbara.
Okršaj Cezara i Pompeja odredio je sudbinu Ilirika u idućih nekoliko stoljeća. Iako povijesnim izvorima Ilirik nije u centru zbivanja, bio je izrazito važan za ishod samoga rata. Nakon rata rimski stratezi uvidjeli su kako je kontrola Ilirika nužna za obranu Italije i ključna nit u povezivanju s istočnim provincijama. Rimske naseobine u Iliriku koje su bile na Cezarovoj strani znatno će porasti veličinom i važnošću, a donedavni rimski saveznik Isa potpuno će nestati s političke scene. Usporedno s time teče i proces romanizacije provincije. O svemu tome svjedoče nam i vrijedni arheološki nalazi iz Epidaura, ali o tome drugom prilikom.