Iako je izuzetna topografska pozicija Molunta s dvije luke – Gornji i Donji Molunat – idealna za pozicioniranje naselja, što potvrđuju i arheološki ostatci, u novije vrijeme stanovnike Konavala, prvenstveno sela Đurinići, za gradnju kuća i urbanizaciju prostora Molunat privlači tek u drugoj polovici 19. stoljeća. Do 1901. godine u Moluntu je podignuto tek osam kuća.
Vjerojatno naseljen još u prapovijesno doba, o čemu svjedoče sporadični nalazi keramike na vrhu Kuk iznad Metala, arheolog Šime Batović smatra da je i samo ime Molunta ilirskog podrijetla. Ime mjesta, kao i ime istoimenog otočića, hrvatski je oblik ilirskog imena Maluntum, kaže Batović, jer sadrži čest ilirski korijen mal- u značenju brdo, kao u albanskom (Mal-ezi = Crna Gora).
Povjesničar Milorad Medini u svojoj knjizi Starine dubrovačke iz 1935. godine pak piše da naziv Molunat podsjeća na njegove prve stanovnike te je najvjerojatnije izveden od grčke riječi molos, u značenju luka, uvala, pristanište. U Moluntu grčkih ostataka nema, ali pouzdano znamo da je bio naseljen u rimsko doba.
Arheološka istraživanja provedena početkom 1973. godine na Metalama otkrila su dva antička objekta. Uska prevlaka Metale, širine oko 300 metara, spaja poluotok zvan Rat, Gora ili Crna Gora s kopnom. Svojom pozicijom i položajem prema kopnu poluotok s jugoistočne strane zajedno s otocima Veliki Škoj (Molunat) i Mali Škoj (Supetrić) zatvara tzv. Malu Luku, a s jugozapadne strane Veliku Luku.
Strateška vrijednost lokacije privukla je i Dubrovačku Republiku da na ovom mjestu, nakon što je 1419. godine kupila taj dio Konavala, planira urbanizaciju poluotoka i zbjeg. Već 1451. godine spominje se Molunat kao mjesto za povlačenje stanovnika istočnog dijela Konavala, drugi zbjeg bio je u Cavtatu. U to vrijeme, uslijed rata sa Stjepanom Vukčićem Kosačom, planirano je da se stanovnici povuku na otok Molunat, a gradnja zidina kojom bi se poluotok Crna Gora odijelio od kopna, spominje se početkom 1468. godine, zbog straha od upada Osmanlija i na konavosko područje.
S obzidavanjem poluotoka započelo se vrlo brzo. Potpisani su ugovori s Jakšom Stipanovićem i Vlahušom Tonkovićem za gradnju vapnenice, to jest klačine za potrebe gradnje zidina. Moluntski klak bio je iznimno cijenjen u Republici. Sa zidanjem se nastavlja i 1469. godine, a gradi se i četvrta klačina. Vrata kojima se pristupalo poluotoku bila su osigurana s istočne i zapadne strane polukružnim kulama, a zid je imao niz puškarnica za obranu.
Planirana je i podjela zemlje na uske, duge parcele, okomite na potez zidina. Daljnje odredbe odnose se na smještaj seoskih obitelji na istočnom dijelu poluotoka. Budući da nema zidanih ostataka kuća, za vjerovati je da su one bile drvene, što potvrđuje odluka Malog vijeća koje je 23. veljače 1473. godine donijelo ovlaštenje da se dvije lađe daju onima koji žive na poluotoku kako bi se mogli prebacivati na otočić Molunat. S vremenom su se ti stanovnici raselili, pa u vrijeme Kandijskog rata u 17. stoljeću i opasnosti koja je prijetila s mora ondje više nitko ne boravi.
Upravo na uskom platou Metala, sjeverno od poteza zidina zbog gradnje restorana provedena su 1973. godine zaštitna arheološka istraživanja. Na jugoistočnom su dijelu i danas vidljivi ostatci dvojne cisterne, čiji je položaj prilagođen terasastom terenu koji se spušta prema moru. U nasipu kojim je nivelirana cisterna pronađen je mnogobrojan keramički materijal: ulomci vrčeva, tanjura, zdjela, amfora, ali i ulomak narukvice od crne staklene paste te brončana karika čija je jedna strana završena ukrasom u obliku zmijske glave.
Ostatci druge građevine bili su iskopani na danas asfaltiranom prostoru, ispred restorana. Ostatak objekta koji je bio istražen imao je pravokutni tlocrt s apsidalnim, odnosno polukružnim dijelom na istočnoj strani. U prostoriji koja je imala polukružno zaključen zid pronađen je jednostavan mozaik komponiran od crvenih i bijelih kockica. U jednoj od prostorija pronađeni su i fragmenti suspenzura hipokausta – kombinacije podnog i centralnog grijanja. Također, i ovdje je nađeno keramičkih ulomaka i ulomaka stakla, ali i novac cara Marka Aurelija, tako da se objekt može datirati u 2. stoljeće.
Osim toga, s obzirom na topografiju obale i činjenicu da je na četrdesetak kilometara stjenovitoj i strmoj obali jedini prostori koji pružaju mogućnost sidrenja i uspostave luke su Molunat i Cavtat.
Stoga, možemo pretpostaviti da je u antičko vrijeme moluntska luka bila važna točka u plovidbi Jadranom. U akvatoriju Molunta zabilježeno je nekoliko, uglavnom novovjekovnih, brodoloma. Jedan, s teretom mramornih blokova pronađen je u blizini Velikog Škoja, dok je u uvali Donji Molunat otkriven brodolom s raznim nalazima, od kojih je najzanimljiviji svakako top lijevan u Engleskoj 1789. godine.
U Moluntu je evidentiran, ali nije istraživan, još jedan antički lokalitet – Mirine, na kojemu se i danas mogu vidjeti ostatci antičkih zidova.
Svakako, izuzetna pozicija, ljepota i potencijal mjesta ostavljaju prostor za neka buduća istraživanja i veću brigu, kako onu urbanističku tako i infrastrukturnu, a samim time i za buduću revalorizaciju i novu interpretaciju mjesta.