Koliko ste puta prilikom neke presudne i smione odluke čuli: Kocka je bačena? I ima li taj izraz ikakve veze s nama? Pa, posredno i ima. Naime, pripisuje se Cezaru i njegovoj nakani da 10. siječnja 49. g. pr. Kr. svoje trupe povede preko rijeke Rubikon i uđe na područje Italije, suprotno odluci Senata, te tako započne veliki građanski rat, sukobivši se s Gnejom Pompejom. Izraz kocka je bačena, kao i onaj drugi, prijeći Rubikon, koristit će se i danas u smislu povlačenja nekog rizičnog poteza. Poteza nakon kojega nema povratka.
Prešavši sa svojom vojskom u Italiju, nakon što je pokorio Galiju, Cezar započinje sukobe s Pompejevom vojskom, a sam Pompej već je bio izbjegao u Grčku.
Iako Ilirik nije bio u središtu glavnih ratnih zbivanja, nekoliko izravnih sukoba dogodit će se i na istočnoj jadranskoj obali. Starosjedilački narodi i manje zajednice rimskih građana koji su na ovoj strani bili organizirani u konvente svrstali su se uz Cezara ili Pompeja. Premda je desetak godina Cezar obnašao dužnost prokonzula Ilirika, nije na svoju stranu privukao cijelo područje, ali najvažnije zajednice rimskih građana bile su uz njega, a među njima i Epidaur. Cezar je na ovom području djelovao preko svojih namjesnika i izaslanika Gaja Antonija i Publija Kornelija Dolabele, zapovjednika mornarice. U početku će se Pompejeva flota, pod vodstvom Marka Oktavija i Lucija Skribonija Libona, pokazati kao mnogo jača, te će kod Krka poraziti Cezarovu vojsku. Tada će Pompejeve snage, koje su uporište imale u Isi, ovladati Jadranom i početi opsjedati Cezaru vjerne naseobine.
Budući da nije uspio zauzeti Salonu, Marko Oktavije se kasnije povlači u Dirahij s namjerom da okupi što veću vojsku kako bi mogao prijeći u Italiju.
Cezar sada u Ilirik za zapovjednika šalje Kvinta Kornificija, ne bi li spriječio Pompejev prodor u Italiju, te održava stanje na tom dijelu pod nadzorom. Cezar se, s dvostruko malobrojnijom vojskom od one koju je Pompej uspio okupiti, preduhitrivši Pompeja, iskrcao prvo u Epiru, zatim u Apoloniji i krenuo prema Dirahiju. Sukobi su se vodili negdje između južnog Jadrana i Makedonije, a zatim su se preselili u Tesaliju. U konačnici, dvije rimske vojske sukobit će se u bitci kod Farsala 9. kolovoza 48. g. pr. Kr. Julije Cezar pobijedit će brojčano nadmoćnu vojsku suparnika Gneja Pompeja, koji bježi u Egipat, gdje je i ubijen.
Pompejeve pristaše su zimi 48. i 47. g. pr. Kr., pokušali ojačati položaj u Iliriku pa Cezar, koji je sam krenuo u Egipat, šalje Aula Gabinija, koji se tada vjerojatno iskrcava u Saloni.
Kako je Kornificije i dalje stacioniran u južnom Jadranu, vjerojatno u Epidauru, gdje je, kako je poznato, ovaj konvent rimskih građana bio na Cezarevoj strani, bio zabrinut zbog dugotrajnog Oktavijevog opsjedanja i nadmoći na moru, poziva Publija Vatinija iz luke Brindizi u pomoć.
U zapisima o Aleksandrijskom ratu ostat će zabilježeno:
Hunc oppugnantem Epidaurum terra marique, ubi nostrum erat praesidium, adventu suo discedere ab oppugnatione coegit praesidium nostrum recepit.
(Ovoga koji je opsjedao Epidaurum s kopna i mora, gdje bijaše naša utvrda, svojim dolaskom je prisilio da napusti opsadu i preuzeo je utvrdu.)
Epidaur se, dakle, u građanskom ratu našao na pravoj strani. Moguće je da je to važno uporište Cezarovom pobjedom već tada dobilo status kolonije, ali to pitanje ostaje otvoreno.