Župa Čilipi utemeljena je 1731. g. iako se matične knjige počinju voditi tek od 1746. g. te predstavlja jednu od mlađih crkvenih župa u Konavlima. Župa je osnovana budući da se u Konavlima u to vrijeme javila potreba za rasterećenjem postojećih župa, župa Cavtat, Pločice, Gruda, Pridvorje i Stravča. Godine 1731. utemeljena je i župa Mrcine iako je i ona počela s djelovanjem nekoliko godina kasnije. Novoosnovana Župa Čilipi obuhvatila je naselja Čilipi, Močići, Komaji sa zaselkom Vignji, Gabrile i Uskoplje.
Prvotna crkva koja je obnašala ulogu matične crkve bila je crkva manjih dimenzija, s tri oltara, preslicom i potrijemkom posvećena sv. Antunu. Potrijemak je najvjerojatnije dobila u razdoblju kada su Čilipe postale župa, budući da je trebala primiti veći broj vjernika nego dotad. Današnja crkva nalazi se na temeljima stare, a njene jedine tragove nalazimo u vidu kamenog reljefa ugrađenog u južni crkveni brod. Ploča visine 1,13 m i širine 0,73 m prikazuje Kristovo uskrsnuće, a datira najvjerojatnije u 16. st. Na prikazu je Krist koji izlazi iz groba, u lijevoj ruci drži palicu s križem, a desna mu je uzdignuta. Lijevo od Krista nalazi se vojnik s kopljem koji svjedoči uskrsnuću.
Broj stanovnika Župe Čilipi s vremenom raste te se sredinom 19. stoljeća procjenjuje na 2 200 ljudi, što tadašnja crkva sv. Antuna nije mogla primiti. Tako 1840. g. nastaje projekt za izgradnju nove župne crkve koji je izradio arhitekt Boriani u Dubrovniku. Prema projektu, crkva je trebala biti građena u maniri neobaroknog klasicizma, trobrodna i monumentalna građevina koja bi mogla zaprimiti 1 600 vjernika. Godine 1850. započelo je rušenje prvotne crkve, a dvije godine nakon gradnja nove.Nova crkva koju i danas pohodimo dovršena je 1853. g. iako u izmijenjenom izdanju od prvotnog projekta. Srednja lađa ima po šest stupova sa svake strane, dok je prvotno bilo zamišljeno da ima po dva polustupa i četiri snažna pilona. Fasada je manje razvedena te nema zamišljene niše za kipove, a sakristija je polukružna, dok je prvotno trebala biti pravokutna.
Razlog pojednostavljenja crkve možemo pronaći u državnim prilikama sredine 19. st. To je razdoblje kada se Konavle još uvijek oporavljaju od rusko-crnogorskih pljački iz 1806. g. Financijska situacija nije povoljna, stoga financiranje izgradnje i obnova crkvi po Konavlima, osim iz vjerozakonske zaklade, potpomažu mještani, a ponekad i crkva.
Novoizgrađena crkva promijenila je titulara u sv. Nikolu, dok je jedan od oltara ostao posvećen sv. Antunu, a opremljena je umjetninama domaće produkcije. Tako je u crkvenom ljetopisu zapisano 25. 9. 1887. godine: Bila je ovdje velika svečanost, kad se je donijela slika Sv. Vlaha učinjena od slikara Medovića tad franjevca za novi oltar, što ga je napravila usljed zavjeta sestra Miha Obradovića nastanjena u Jeruzalemu, udata za Golubovića. Nažalost, ova slika je stradala u Domovinskom ratu. Glavna oltarna pala s prikazom sv. Nikole najvjerojatnije je rad manje poznatog dubrovačkog slikara, više poznatog kao pravnika i visokog austrijskog činovnika, Nika Nardelija s kraja 19. stoljeća.
Potom je 1888. g. od dominikanaca u Dubrovniku naručena izgradnja kamenog oltara sv. Nikole, a iz Cavtata su 1891. g. dobavljene orgulje. Godine 1908. nabavljen je kip Gospe Lurdske, dar Petra Skurića Antunova nastanjenog u Watsonvilleu u Americi. Naredne godine samouki slikar iz Trpnja Franjo Ferenza i Antun Kapor iz Korčule oslikavaju svetište crkve prikazom Nebeskog Oca s anđelima. Godine 1909. nabavljene su i slike križnog puta. Antun Kapor 1910. g. popravlja oltar Gospe od Milosrđa, a prvotni oltar sv. Josipa stradava u požaru 2005. g. nakon čega je i obnovljen. Od tvrtke Arturo Troso iz Leccea u Italiji 1939. g. su nabavljeni kipovi sv. Nikole i sv. Obitelji, a kipovi sv. Petra Apostola i sv. Ivana Krstitelja koji krase glavni oltar dar su obitelji Krilanović.
Godine 1910. u Ljetopisu je zapisano kako se glavna oltarna pala skraćuje i doslikava jer se na njoj nalazi niz potrebnih popravaka: Prije svega „pala“ je bila golema. Po svoj prilici bila je veća nego prostor gdje je imala stati. Da ju namjeste imaju je bit posjekli; ali nespretno su učinili što su posjekli telu odizdo mjesto odizgor, te je sv. Nikola izgledo kao da je upao u jamu. Druga mana na samoj „pali“ bila je ta, što je na vrhu bio crni polukrug, te je neugodno dojmio gledaoca. Treća stvar more je bilo slabo naslikano, a bord koji tone još i gore. Palački prst sv. Nikole, kojim blagoslivlja bio je izvrnut, a odjeća na mjestima trošna. Napokon okvir bio je sasvim uzak prema veličini „pale“. Stoga je slikar Ferenza, onaj isti koji prethodne godine oslikava svetište, popravio more i po uzoru na sliku Vlaha Stanovića naslikao brod u oluji kojemu je nadjenuo ime Ferenca. Popravio je oblake, palački prst i odjeću na sv. Nikoli te kosu na anđelu. Napravljen je novi okvir, a pala je još malo dorađena i skraćena.
Zvono je kupljeno 1874. g., a zvonik je izgrađen 1898. g. Na starim konavoskim razglednicama možemo primijetiti kako je prvotni zvonik imao sat na sebi, što današnjem izdanju nedostaje. Zvonik kod crkve bi dograđen svrkom godine 1898. Gradnju je izveo poduzetnik Antun Račić iz Cavtata za ukupnu svotu od forinta 4700, a novac se je sakupio većim dijelom od naroda nastojanjem vlč. župnika. Na zvoniku se nalazi i spomen-ploča kralju Tomislavu postavljena 1927. g.
Iz mnogih starih fotografija nastalih 50-ih i 60-ih godina prošlog stoljeća vidljivo je da je na predulazu bila postavljena kamena balustrada. Za potrebe nedjeljnih folklornih priredbi koje se redovito održavaju još od 1967. g. ispred crkve je bila dograđena i drvena tribina. Kasnih 70-ih godina balustrada i tribine su uklonjene te su napravljene današnje skale. U sjevernom dvorištu crkve 2010. g. postavljena je skulptura Konavoska mati, rad akademskog kipara Zlatka Čulara posvećena hrvatskim braniteljima.
Groblje matice nalazi se 1 km istočno, uz crkvu sv. Nedjelje koje je prošireno 1902. g. iako se prvotno dio stanovništva pokapalo i u crkvi sv. Ivana Krstitelja smještenom na pola puta između crkve sv. Nikole i crkve sv. Nedjelje.
Matica je kroz povijest više puta obnavljana, a najveća je bila obnova nakon Domovinskog rata 1991. g. kada je obnovljena spaljena sakristija. Spomen-ploča na ratna razaranja postavljena je uz južni izlaz crkve.